Eine große Vogelschar brütet im ehemaligen Hochmoor
Im Weidmoos brüten Jahr für Jahr ca. 70 Vogelarten – im Jahr 2018 waren es ganz genau 68. Neben Arten, die sehr häufig vorkommen, haben hier auch einige eher seltene Spezies der österreichischen Vogelwelt ihre Kinderstube gefunden.
Eine echte Besonderheit ist die große Lachmöwenkolonie im Zentralteil des Weidmooses. Im Jahr 2008 – also nachdem die Maßnahmen zur Renaturierung abgeschlossen waren – brüteten hier erstmals vier Paare dieser heimischen Möwenart. Danach stieg die Zahl der Brutpaare rasant an und erreichte 2013 mit 2.500 bis 3.000 brütenden Paaren ihren Höhepunkt. In den letzten Jahren hat sich die Zahl bei 1.500 bis 1.800 Brutpaaren eingependelt. Von Anfang April bis Ende Juli ist die Kolonie besetzt. Danach verlassen die Lachmöwen das Weidmoos, um im Umland Nahrung zu suchen und Fettreserven für den Flug in die Überwinterungsgebiete anzulegen. Trupps von ihnen können dann im ganzen Flachgau beobachtet werden. 
Seit einigen Jahren gelingt es auch der Schwarzkopfmöwe, der Mittelmeermöwe und dem Schwarzhalstaucher, im Schutz der Lachmöwenkolonie zu brüten – eine absolute Besonderheit für das Bundesland Salzburg, da diese Arten in ganz Salzburg ausschließlich im Weidmoos vorkommen. 
Im Weidmoos brüten über das ganze Gebiet verteilt mehrere Graugans-Paare. Die Graugans ist mit einer Gesamtlänge von 80 bis 90 cm und einem durchschnittlichen Gewicht von etwa 3,5 kg die größte heimische Wildgans. Graugänse schätzen am Weidmoos besonders die zahlreichen Gewässer mit den Schilfbeständen und den angrenzenden Wiesen. Ihre Nester bauen sie auf kleinen Inseln oder am Gewässerrand. Zur Futtersuche nutzen sie Wiesen, wo sie mit Vorliebe kurze Gräser und Kräuter fressen. Am Ende des Sommers fliegen sie in großen Gruppen in der typischen V-Formation in Richtung Süden – so, wie man das aus der berühmten Geschichte Nils Holgerson kennt. Im Weidmoos kann man die Graugänse ab Februar bis in den Sommer hinein an den Gewässern beobachten. 
Das Weidmoos ist Heimat für ein bis zwei Brutpaare der europaweit geschützten Rohrweihe. Dieser Greifvogel baut seine Nester in den ausgedehnten Schilfflächen im zentralen Teil des Vogelparadieses. Rohrweihen sind Zugvögel, die das Gebiet im Herbst verlassen, um in ihre südlich gelegenen Überwinterungsgebiete zu fliegen. In den letzten Jahren sind im Weidmoos mehrmals Beobachtungen von geschlüpften Jungvögeln gelungen. Sehr schön lässt sich diese Art bei ihren charakteristischen Jagdflügen über den Schilfbereichen beobachten
Die Zwergdommel ist die kleinste Reiherart in Europa. Ein Zugvogel, der nur zwischen Ende April und Ende September in unseren Breitengraden anzutreffen ist. Bis ins Jahr 2008 gab es regelmäßige Hinweise, dass mindestens ein Zwergdommel-Paar im Vogelparadies gebrütet hat. Nach einem sehr starken, lokalen Hagel im Jahr 2009 konnten lange keine Zwergdommeln mehr im Weidmoos beobachtet werden. Seit dem Jahr 2017 gibt es erstmals wieder Hinweise auf ein bis zwei brütende Paare. Aufgrund ihrer versteckten Lebensweise im Schilfdickicht ist ein konkreter Nachweis schwierig und fast nur durch das Hören der Balzrufe möglich. Jungtiere zu sehen ist beinah unmöglich.
Wasserrallen sind sehr versteckt lebende Verwandte des bekannten Blesshuhnes, die etwa so groß wie Amseln sind. Obwohl im Weidmoos zwischen 20 und 30 Brutpaare dieser scheuen Vögel leben, bekommt man sie kaum zu Gesicht. Sie verstecken sich meistens im Schilfdickicht rund um die Gewässer. Zwischen den Schilfhalmen begeben sich die Einzelgänger zu Fuß auf die Suche nach kleinen Fischen, Krebs- und Weichtieren oder Insekten. Meistens hört man von ihnen nur ihre quiekend-kreischend-knurrenden Rufe, die sehr laut sein können und an das Quieken eines Ferkels erinnern. 
Rechtzeitig zum Frühlingsbeginn starten die Kiebitze ihre Balzflüge – ein echtes Schauspiel im Weidmoos. Sie nutzen die Streuwiesen als Brutflächen und ziehen hier ihre Jungen groß. Während der Brutzeit kann man im Weidmoos 10 bis 15 Kiebitz-Brutpaare antreffen. Im Spätsommer und während der Zugzeit sind oft mehrere hundert Vögel anwesend. Obwohl der Bestand an Kiebitzen in ganz Mitteleuropa um 90 % zurückgegangen ist, sind im nördlichen Flachgau und im Weidmoos noch relativ viele Brutpaare zu finden. 
Die zahlreichen Gewässer im Weidmoos bieten auch seltenen Entenarten wie der Löffelente einen Lebensraum. Wie der Name schon sagt, ist diese Art leicht an ihrem löffelförmigen Schnabel zu erkennen. Mit diesem durchsiebt die Ente das Wasser auf der Suche nach Kleinlebewesen. Die wichtigsten Brutvorkommen findet man am burgenländischen Neusiedlersee. Ansonsten kommt sie nur sehr zerstreut in Österreich vor – bis vor 15 Jahren in Salzburg nur als Zugvogel. Nach dem Abschluss der Renaturierungsmaßnahmen im Weidmoos siedelten sich hier zwei Paare an, die als einziger Brutnachweis für das Bundesland Salzburg gelten. 
Nach dem Ende des Torfabbaus beherbergten die offenen Fräsflächen im Weidmoos mit mehr als 30 Brutpaaren eine der größten Populationen des Weißsternigen Blaukehlchens in ganz Österreich. Seitdem hat sich die Vegetation des Vogelparadieses verändert und es sind nur noch wenige unbewachsene Torfflächen vorhanden. Damit ist auch die Zahl der Brutpaare auf sechs bis neun gesunken. Viele Vogelfreunde zählen das Blaukehlchen zu den schönsten bei uns vorkommenden Vogelarten. Leider leben sie während der meisten Zeit sehr versteckt im grünen Dickicht. Gut zu beobachten sind sie jedoch kurz nach ihrer Ankunft aus den Überwinterungsgebieten ab Mitte April. Denn dann grenzen die Männchen mit ihrem auffälligen Gesang Reviere ab und verteidigen es gegen ihre Nachbarn. In dieser Zeit lassen sich die Blaukehlchen gut in den Gebüschen links und rechts vom Aussichtsturm beobachten. 
Der Drosselrohrsänger legt bei seinen jährlichen Wanderungen lange Strecken zurück. Frühestens ab Ende April kommt er aus seinen Überwinterungsgebieten südlich der Sahara in Mitteleuropa an. Auf der Suche nach Insekten klettert und hüpft er durch die großen Schilfbestände des Weidmooses. Sein Nest baut er kunstvoll zwischen den Schilfhalmen. Den kleinen, flinken, braunen Vogel entdeckt man meist nur, wenn er an der Spitze eines Schilfrohrs sitzt und lauthals seine Gesänge vorträgt. Auch die deutlich kleineren und sehr ähnlichen Teich- und Sumpfrohrsänger können im Sommer im Gebiet beobachtet werden 
